[001004] WebMoneyの残高を調べることはできますか？

可能です。
パソコンやスマートフォンなどから残高照会画面にアクセスしてWebMoneyプリペイド番号を入力することで残高をご確認いただけます。
→残高照会はこちら

※WebMoneyプリペイドカードおよびWebMoneyプリペイドカードLiteは、WebMoneyウォレットアプリ（スマートフォン用のアプリケーション）上でも残高をご確認頂けます。